<div dir="ltr"><span id="result_box" class="" lang="en"><span class="">hello i am Alejandro<br></span></span><div><div><span id="result_box" class="" lang="en"><span class=""><br>I have tried to</span> <span class="">follow the</span> <span class="">tutorial</span> <span class="">MAKER</span></span><br><br>1-I Copy the files in the data directories to a temporary directory    where i  run an example file.<br>2-I Type maker -CTL to generate generic MAKER control files (foto_1)<br>3-I  edit the control files to include the path of    the genome file  ( hsap_contig.fasta from the example) (foto_2)<br></div><div>then I  give the paht maker maker_exe.ctl maker_opts.ctl maker_bopts.ctl (foto 3)<br><br></div><div>that generate a expected folder <br>hsap_contig.maker.output<br><br></div><div>but when i whatn to look for the gff file i dont find it, inside the /data/hsap_contig.maker.output/hsap_contig_datastore, i dont find  the all subdirectories<br><br>seq_name.gff - a gff file that can be loaded into GMOD, GBROWSE,<br>      or Apollo<br>    * seq_name.maker.transcripts.fasta - a fasta file of the MAKER<br>      annotated transcript sequences<br>    * seq_name.maker.proteins.fasta - a fasta file of the MAKER<br>      annotated protein sequences<br>    * seq_name.maker.XXX.transcript.fasta - a fasta file of ab-initio<br>      predicted transcript sequences from program XXX<br>    * seq_name.maker.XXX.proteins.fasta - a fasta file of ab-inito<br>      predicted protein sequences from program XXX<br>    * seq_name.maker.non_overlapping_ab_initio.transcripts.fasta - a<br>      fasta file of filtered ab-inito transcript sequences that don't<br>      overlap maker annotations<br>    * seq_name.maker.non_overlapping_ab_initio.proteins.fasta - a<br>      fasta file of filtered ab-inito protein sequences that don't<br>      overlap maker annotations<br>    * theVoid.seq_name/ - a directory containing all of the raw<br>      output files produced by MAKER, including BLAST reports, SNAP<br>      output, exonnerate output and the masked genomeic sequence.<br><br></div><div>i only find a directorie named 80 (foto 4)<br><br></div><div>i dont know if a make somthing wrong, <br></div><div><br></div><div><span id="result_box" class="" lang="en"><span class="">also</span> <span class="">try</span> <span class="">to change the</span> <span class="">path</span> <span class="">of the EST (foto_5)<br><br></span></span></div><div><br><div style="" id="gt-input-tool"><div><span class=""></span></div></div><div id="gt-src-c" class=""><div id="gt-src-p"> </div> </div> <div id="gt-res-content" class=""><div dir="ltr" style="zoom:1"><span id="result_box" class="" lang="en"><span class="">thanks for your attention</span></span></div></div></div><div><br></div><div><br></div><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Alejandro Cerón Noriega, </b></font><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;line-height:19.1875px">B.Sc</i> <br>MSc. Candidate Bioinformatics<div><b>K ♣</b><b><font color="#cc0000">♣</font></b><b><font color="#ffcc00">♣</font></b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><br></b></font></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div>