<div dir="ltr"><div>Hello,<br><br>My name is Gloria Rendon. I work at the Carle Woese Institute for Genomic Biology at the University of Illinois at Urbana-Champaign.<br><br>In recent months we used MAKER/3.00.0-beta to generate annotations (in GFF3 format) for a de-novo assembly that we produced in-house for the Taro plant.<br><br>As part of the same project, I need to run now an analysis with RNA seq data for the same Tarospecies. <br>I am going to use STAR for the alignment step and I need to provide the annotations file in GTF format, not in GFF3 format as I currently have.<br><br>In order to perform the GFF3->GTF conversion I was planning to run some of the accessory scripts that come with MAKER<br><br><span style="background-color:rgb(255,255,0)">add_utr_start_stop_gff <br>gff3_2_gtf</span><br><br>However I just noticed that my installation of MAKER is missing those two scripts. <br>This is how the MAKER/bin folder looks like now:<br><br>$ ls /home/groups/hpcbio/apps/maker/maker-3.00.0-beta/bin/<br>AED_cdf_generator.pl   ipr_update_gff          maker_map_ids<br>cegma2zff              iprscan2gff3            map2assembly<br>chado2gff3             maker                   map_data_ids<br>compare_gff3_to_chado  maker2chado             map_fasta_ids<br>cufflinks2gff3         maker2eval_gtf          map_gff_ids<br>evaluator              maker2jbrowse           <a href="http://match2gene.pl">match2gene.pl</a><br>fasta_merge            maker2wap               <a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a><br>fasta_tool             maker2zff               tophat2gff3<br>genemark_gtf2gff3      maker_functional_fasta<br>gff3_merge             maker_functional_gff<br><br><br>btw, earlier versions of MAKER that are also installed on our cluster as also missing those scripts.<br><br><span style="background-color:rgb(255,255,0)">Could you please tell me how to remedy the situation?<br>Do you have executables  of the two scripts that you can share with me?<br></span></div><span style="background-color:rgb(255,255,0)">OR </span><br><span style="background-color:rgb(255,255,0)">Do I need to re-install MAKER with special configuration options?</span><div><br>Thank you very much for the attention to this matter.<br><br>Sincerely,<br><br>Gloria<br></div></div>