Did you install hmmer3 ? need that to get esl-sfetch not sure how you configured the paths when you run this. <br><br><br>Jason <br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sun, Mar 6, 2016 at 8:48 AM Matt Simenc <<a href="mailto:mcsimenc@gmail.com">mcsimenc@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-size:13px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am working on creating a custom repeat library. I want to use the ProtExcluder.pl script, found on the maker wiki at </font></div><div style="font-size:13px"><span style="font-size:small"><br></span></div><div style="font-size:13px"><span style="font-size:small"><a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction-Basic" target="_blank">http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction-Basic</a></span></div><div style="font-size:13px"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></div><div style="font-size:13px"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"> to trim out possible gene sequences from the default RepeatModeler output when run on my genome. I'm getting some errors and output in which no sequences are removed from my RepeatModeler library and am wondering if you anyone has experience with this script and can help me understand the errors.</span></div><div style="font-size:13px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:13px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am feeding ProtExcluder.pl a FASTA file from RepeatModeler and blastx output (default output,<font color="#000000">blast 2.2.31+) like:</font></font></div><div style="font-size:13px"><font color="#000000" face="Monaco" size="1"><br></font></div><div style="font-size:13px"><font face="monospace, monospace">ProtExcluder.pl blast_output repeat_fasta 1>stdout 2>stderr</font></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">- I get an output file repeat_fastanoProtFinal that contains exactly the same sequences as the input repeat_fasta. </div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">- stderr has these errors:</div><div style="font-size:13px"><br></div><div><p style="margin:0px"><font face="monospace, monospace" color="#000000" style="background-color:rgb(255,255,255)">Can't exec "binaries/esl-sfetch": No such file or directory at /share/apps/genomics/ProtExcluder1.1/<a href="http://mspesl-sfetch.pl/" target="_blank">mspesl-sfetch.pl</a> line 17.</font></p><p style="margin:0px"><font face="monospace, monospace" color="#000000" style="background-color:rgb(255,255,255)">Can not open the seqfile /home/joshd/data/azolla/blasts/repeats/RepeatModeler.celera_blastx_PT-1.1-orthofinder/AzlRptMdlrLib.celera_blastx_PT-1.1-orthofinder_1e-5.fnolowm50seq</font></p><p style="margin:0px"><font face="monospace, monospace" color="#000000" style="background-color:rgb(255,255,255)"><a href="http://mergeunmatchedregion.pl/" target="_blank">mergeunmatchedregion.pl</a> seqfile</font></p><p style="margin:0px"><font face="monospace, monospace" color="#000000" style="background-color:rgb(255,255,255)">Illegal division by zero at /share/apps/genomics/ProtExcluder1.1/GCcontent.pl line 122.</font></p></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">ProtExcluder.pl created a bunch of files in the directory where it is trying to unsuccessfully access the fnolow50seq file, which does not exist, though there are files whose names have the suffix fnolow50seqm, fnolow50seqmGC, and fnolow50seqmns.<br></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Any help would be appreciated! I could write a script to do this but would rather use an already debugged one to save time. Thanks!</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Matt Simenc</div><div style="font-size:13px">Der Evolutionary Genomics Lab</div><div style="font-size:13px">California State University, Fullerton</div></div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div>