<div dir="ltr">Hi Carson,<div><br></div><div>Thank you for your reply. I installed RepeatMasker following the Installation in their website, and got these information below.</div><div><br></div><div>=============================</div><div><div>Congratulations!  RepeatMasker is now ready to use.</div><div>The program is installed with a full version of the repeat library:</div><div>  DFAM Library Version = Dfam_2.0</div><div>  RMLibrary Version = 20150807</div><div>  Repbase Version = 20150807</div></div><div>=============================</div><div><br></div><div>I run RepeatMasker directly on one scaffold, and got no error. So I am still confused by the error given by MAKER.</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Wenbo</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-03-06 15:13 GMT-05:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Wenbo,<br>
<br>
The error is from RepeatMasker and not MAKER. It means that RepeatMasker is not installed and configured correctly.  You will have to fix whatever is wrong with your installation, and then make sure you can get RepeatMasker to run correctly by itself before running it inside of MAKER (i.e. run RepeatMasker directly on some test data).<br>
<br>
Thanks,<br>
Carson<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
> On Mar 5, 2016, at 7:10 PM, 陈文博 <<a href="mailto:chenwenbo1020@gmail.com">chenwenbo1020@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi All,<br>
><br>
> I have run Maker (v2.31.8) successfully. Now I update RepeatMasker to v4.0.6. then I came with this error:<br>
><br>
> RepeatMasker::createLib(): Error invoking /home/chenwb/programs/ncbi-blast-2.2.28+/bin/makeblastdb on file /home/chenwb/programs/RepeatMasker/Libraries/20150807/general/simple.lib.<br>
> ERROR: RepeatMasker failed<br>
> --> rank=4, hostname=hostname<br>
> ERROR: Failed while doing repeat masking<br>
> ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>
> FAILED CONTIG:scaffold149<br>
><br>
><br>
> The RepeatMasker was corrected installed. Should I update Maker to V3.0?<br>
><br>
> Thank you!<br>
><br>
> Best regards,<br>
> Wenbo<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>