<div dir="ltr">I think that may be about permissions of creating the all file in your RepeatMasker library folder - you may look at the write permissions there and see.<div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Mar 8, 2016 at 12:25 PM Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">The issue is unrelated to MAKER. Likely something happened during your initial configuration that resulted in a partial file. Perhaps when you unpackaged RepBase. Whether you ran it inside or outside of MAEKR was not the issue.</div><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div>—Carson</div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Mar 8, 2016, at 1:22 PM, 陈文博 <<a href="mailto:chenwenbo1020@gmail.com" target="_blank">chenwenbo1020@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hi Carson,<div><br></div><div>Thank you! I re-install the RepeatMasker, and run it with "-species all" outside of MAKER. It was successfully finished. Then I run Maker, and there is no error. I am curious why RepeatMasker could not build these library files when it was run in the MAKER.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Wenbo</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-03-07 16:54 GMT-05:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">RepeatMasker doesn’t actually finish installing until after you run it at least once with the RepBase Libraries (i.e. first job with RepBase). During it’s very first run it builds a bunch of needed library files under …/RepeatMasker/Libraries/ or sometimes under ~/.RepeatMaskerCache/. The failure message you get is that it can’t build those files (which is a RepeatMasker error not a MAKER error). So RepeatMasker is either installed or configured incorrectly.<span><font color="#888888"><div><br></div><div>—Carson</div></font></span><div><div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Mar 7, 2016, at 2:01 PM, Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div style="word-wrap:break-word">Make sure you use the same library you are giving it with MAKER. You can also look at MAKER’s STDERR to see exactly what command MAKER was using to run RepeatMasker.<div><br></div><div>This error —> "RepeatMasker::createLib(): Error invoking /home/chenwb/programs/ncbi-blast-2.2.28+/bin/makeblastdb on file"</div><div><br></div><div><br></div><div>It’s not from MAKER. RepeatMasker is printing that error and then failing.</div><div><br></div><div>—Carson</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Mar 7, 2016, at 1:26 PM, 陈文博 <<a href="mailto:chenwenbo1020@gmail.com" target="_blank">chenwenbo1020@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hi Carson,<div><br></div><div>Thank you for your reply. I installed RepeatMasker following the Installation in their website, and got these information below.</div><div><br></div><div>=============================</div><div><div>Congratulations!  RepeatMasker is now ready to use.</div><div>The program is installed with a full version of the repeat library:</div><div>  DFAM Library Version = Dfam_2.0</div><div>  RMLibrary Version = 20150807</div><div>  Repbase Version = 20150807</div></div><div>=============================</div><div><br></div><div>I run RepeatMasker directly on one scaffold, and got no error. So I am still confused by the error given by MAKER.</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Wenbo</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-03-06 15:13 GMT-05:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Wenbo,<br>
<br>
The error is from RepeatMasker and not MAKER. It means that RepeatMasker is not installed and configured correctly.  You will have to fix whatever is wrong with your installation, and then make sure you can get RepeatMasker to run correctly by itself before running it inside of MAKER (i.e. run RepeatMasker directly on some test data).<br>
<br>
Thanks,<br>
Carson<br>
<div><div><br>
<br>
> On Mar 5, 2016, at 7:10 PM, 陈文博 <<a href="mailto:chenwenbo1020@gmail.com" target="_blank">chenwenbo1020@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi All,<br>
><br>
> I have run Maker (v2.31.8) successfully. Now I update RepeatMasker to v4.0.6. then I came with this error:<br>
><br>
> RepeatMasker::createLib(): Error invoking /home/chenwb/programs/ncbi-blast-2.2.28+/bin/makeblastdb on file /home/chenwb/programs/RepeatMasker/Libraries/20150807/general/simple.lib.<br>
> ERROR: RepeatMasker failed<br>
> --> rank=4, hostname=hostname<br>
> ERROR: Failed while doing repeat masking<br>
> ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>
> FAILED CONTIG:scaffold149<br>
><br>
><br>
> The RepeatMasker was corrected installed. Should I update Maker to V3.0?<br>
><br>
> Thank you!<br>
><br>
> Best regards,<br>
> Wenbo<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div>