<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi All,</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I am using MAKER to annotate a insect genome. Firstly, I trained Augustus and GeneMark-ET outside of Maker using aligned RNA-seq data. Then, I gave them to Maker. The evidences included assembled RNA-seq data, protein sequences of my insect, proteome sequences of three related insects and Swiss-Prot. At last, I used the gene models generated by Maker with AED < 0.01 to train SNAP for two rounds. So my questions are:</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">1. how to evaluate the results of ab initio training. How can I know these gene finders were well trained?</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">2. Should I add EST evidences? How does Maker work on the locus where there is only partial EST evidence? Will the partial EST sequences cause gene models to be partial? </div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">3. Is there some gold-criteria to evaluate the results of gene prediction? How to improve it?</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thank you!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Best regards,</div><div class="gmail_extra">Wenbo</div></div>