<div dir="ltr"><span itemscope="" itemtype="http://schema.org/Question"><span itemprop="text"><p>Hello,</p>

<p>My apologies if this has been described elsewhere, but I have not been able to find the answer to this question.</p><p>After running 
fasta_merge on the Maker results, I get the fasta files which include 
all the gene annotations from all the different contigs in the assembly.
 In the transcript file, I get headers such as the two below:</p>

<p>maker-Contig206-snap-gene-3.11-mRNA-1</p>

<p>maker-Contig206-snap-gene-3.12-mRNA-1</p>

<p>I was wondering what the gene-X.XX portion of the header means, for instance are 3.11
 and 3.12 exons on the same gene or are they two completely separate 
genes? If they are separate genes, what makes them still be both "gene 3"?<br></p>

<p>Thanks in advance!</p>
</span></span><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Madolyn Stinner (formerly Madolyn MacDonald)<div>UDel Bioinformatics and Systems Biology, PhD student</div><div>RIT Alumnus 13'</div></div></div></div>
</div></div>