<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi All,</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Recently, I updated the genome assembly, and want to update the annotation to fit the new genome, only want to update the gene position. I used Maker. I changed the maker_opt.ctl file as follow:</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_extra">genome=$PATH_TO_mygenome</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">organism_type=eukaryotic </div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">est=$PATH_TO_transcript_seq</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">est2genome=1 </div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">est_forward=1</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">After run Maker, some genes were lost. There are 14,146 transcritpts as input. Only 13092 gene models were in the output. Anyone know the reason? Thank you!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Best regards,</div><div class="gmail_extra">Wenbo</div></div></div>