<div dir="ltr">Hi Carson,<div><br></div><div>Thank you. </div><div><br></div><div>sorry that I forgot to mention that in the new version assembly I only connected some scaffolds into super scaffold by Ns. </div><div><br></div><div>Annotation question is :</div><div><br></div><div>Maker use blast to anchor the gene. If some genes were mapped to multiple positions (for example single-exon genes), what will Maker decide to do?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Wenbo</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-04-04 12:34 GMT-04:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Because the assembly has changed. That means that sequence can be different, missing, or altered to break previous CDS. You can try relaxing the filtering parameters in maker_bopts.ctl to recover more partial or incomplete matches. Also adjust the mx intron size to allow for really long introns. That might recover a few more.<br>
<br>
—Carson<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
> On Apr 2, 2016, at 5:41 PM, 陈文博 <<a href="mailto:chenwenbo1020@gmail.com">chenwenbo1020@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi All,<br>
><br>
> Recently, I updated the genome assembly, and want to update the annotation to fit the new genome, only want to update the gene position. I used Maker. I changed the maker_opt.ctl file as follow:<br>
><br>
> genome=$PATH_TO_mygenome<br>
><br>
> organism_type=eukaryotic<br>
><br>
> est=$PATH_TO_transcript_seq<br>
><br>
> est2genome=1<br>
><br>
><br>
> est_forward=1<br>
><br>
> After run Maker, some genes were lost. There are 14,146 transcritpts as input. Only 13092 gene models were in the output. Anyone know the reason? Thank you!<br>
><br>
> Best regards,<br>
> Wenbo<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
> <a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>