<div dir="ltr"><div>Having installed Augustus, BUSCO will generate the training files in the Augustus species folder. Afterwards you only need to indicate the species profile in the Maker config file as usual.<br><br></div><div>BUSCO developers say that the long run produces a better profile and should be used if you run the program to train Augustus. This is the command I used<br><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><span style="font-family:monospace,monospace">python3 <a href="http://BUSCO_v1.1b1.py">BUSCO_v1.1b1.py</a> -f -c 8 --long -o Genus_species -in /PATH/TO/ASSEMBLY/contigs.fa -l /PATH/TO/PROFILE/fungi -m genome</span><br></blockquote><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 26 April 2016 at 13:04, Barry Moore <span dir="ltr"><<a href="mailto:bmoore@genetics.utah.edu" target="_blank">bmoore@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
I’m posting this message to the mailing list on behalf of Ian Misner.  Ian, sorry your message and subscription request hasn’t gone through.  The ISP that supports all of our mailing lists including maker is having issues with the mailman software that they
 can’t seem to resolve, so we currently can’t approve held messages or add new subscribers.  We’re in the process of working out a new mailing list option.  Thanks for you patience!<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>Begin forwarded message:</div>
<br>
<div>
<div style="font-family:Garamond,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
Hello,</div>
<div style="font-family:Garamond,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<br>
</div>
<div style="font-family:Garamond,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
Are there any guidelines for using BUSCO to help train MAKER? CEGMA has been discontinued but I used to use the <a href="http://cegma2zff.pl" target="_blank">cegma2zff.pl</a> steps to use those proteins as a training step. BUSCO seems to train Augustus but I'm not sure what file to pass from BUSCO to MAKER
 for this to be properly utilized. I didn't see anything specific about this in the archives. </div>
<div style="font-family:Garamond,sans-serif;font-size:14px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div>-----</div>
<div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3"><b>Ian Misner, Ph.D.</b><u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Computational Genomics Specialist<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Contractor, Medical Science and Computing, Inc.<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Bioinformatics and Computational Biosciences Branch (BCBB)<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">NIH/NIAID/OD/OSMO/OCICB<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">5601 Fishers Lane, Room 4A59<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3"><a style="color:rgb(149,79,114)"><span>Rockville, MD 20892</span></a><u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Office: <a href="tel:301-761-6208" style="color:rgb(149,79,114)" target="_blank">301-761-6208</a><u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Mobile: <a href="tel:301-704-0151" style="color:rgb(149,79,114)" target="_blank">301-704-0151</a><u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Email: <a href="mailto:ian.misner@nih.gov" style="color:rgb(149,79,114)" target="_blank">ian.misner@nih.gov</a><u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Web: <a href="http://www.niaid.nih.gov/about/organization/odoffices/omo/ocicb/Pages/bcbb.aspx#niaid_inlineNav_Anchor" style="color:rgb(149,79,114)" target="_blank"><span style="text-decoration:none">BCBB Home
 Page</span></a><br>
Twitter: @NIAIDBioIT<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3"><br>
<br>
<u></u><u></u></font></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<font face="Garamond" size="3">Disclaimer: The information in this e-mail and any of its attachments is confidential and may contain sensitive information. It should not be used by anyone who is not the original intended recipient. If you have received
 this e-mail in error please inform the sender and delete it from your mailbox or any other storage devices. National Institute of Allergy and Infectious Diseases shall not accept liability for any statements made that are sender's own and not expressly made
 on behalf of the NIAID by one of its representatives.</font></div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>