<div dir="ltr"><div><div>Is it a plant genome? If it isn't, use BUSCO. It will do the whole training in a single step. It will get your assembly fasta file and generate the species profile in the Augustus species folder.<br><br></div>See previous thread:<br><a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/vp8R06VVQGQ">https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/vp8R06VVQGQ</a><br><br><br></div>If you have a plant genome, use the "<a href="http://zff2augustus_gbk.pl">zff2augustus_gbk.pl</a>".<br>I have this in my files:<br><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">This will take the export.dna generated by fathom and generate a *.gb file that will be used as "training gene structure file" in a new training submission in WebAugustus, but remember to give it a new name in the submission, e.g. MYGENOME_v2, or Maker won't see the difference (same name)*:<br></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">    perl PATH/TO/SCRIPT/<a href="http://zff2augustus_gbk.pl">zff2augustus_gbk.pl</a> > <a href="http://MYGENOME.train.gb">MYGENOME.train.gb</a><br></blockquote><div><br></div><div>*this applies if you do a re-run of Augustus within Maker<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 28 April 2016 at 11:04, hcma <span dir="ltr"><<a href="mailto:hcma@uci.edu" target="_blank">hcma@uci.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I would like to use Maker to generate a set for training Augustus for a new species. The steps for training SNAP is well documented, but i am still confused as to how to train Augustus using the AugustusWeb.<br>
<br>
I have used fathom and forge to generate 'export.ann' and 'export.dna'. So what i need to do next is to run <a href="http://zff2augustus_gbk.pl" rel="noreferrer" target="_blank">zff2augustus_gbk.pl</a> in the directory that has the export.ann and export.dna files?<br>
<br>
Then i feed the <a href="http://train.gb" rel="noreferrer" target="_blank">train.gb</a> file to  AugustusWeb?<br>
<br>
Please advise.<br>
<br>
Thanks<br>
Karen<br>
<br>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<a href="http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://yandell-lab.org/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>