<div dir="ltr"><div><div>Can't you filter the file content with the 'grep' command? If you need to extract columns, use 'cut' too<br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 13 April 2016 at 13:05, Jenny Lee <span dir="ltr"><<a href="mailto:h.lee12@uq.edu.au" target="_blank">h.lee12@uq.edu.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi all,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I would like to update my maker gff3 file to only contain the genes I've decided to keep - all maker genes, a subset of abinitio genes (which have interproscan hits). I would like to also exclude the repeats information and only retain the CDS, gene, exon
 and mRNA - like the format we usually see in published data.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I've been trying to do this manually and it gets messy. Any ideas?<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks a lot.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Regards,<br>
</p>
<p>Jenny Lee<br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>