<div dir="ltr">Greetings,<div>     My group has run MAKER on a small genome.  One of the annotated tRNAs has an intron.  The two exons are annotated on different strands. The gene and first exon are on the + strand and the second exon is on the - strand.</div><div><br></div><div>    I looked over the archives and found <a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/trnascan$20strand/maker-devel/n09EMqCP_Do/08AJuaZ1K9QJ">previous reports</a>, but it appears they apply to earlier versions of MAKER.</div><div><br></div><div>     My instinct is to 'manually' correct the strand information for the - strand exon, but I wanted to investigate the issue further first.</div><div><br></div><div>     Do you have any insight?</div><div><br></div><div>Much appreciated,</div><div>Jeremy<br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div>--<br></div><a href="http://orcid.org/0000-0001-5718-2675" target="_blank">Dr. Jeremy DeBarry PhD</a></div><div><span style="color:rgb(0,0,238);font-size:12.8px;text-decoration:underline"><a href="http://www.systemsbiology.emory.edu/" target="_blank">MaHPIC Data Coordinator</a></span></div><div><a href="http://mango.ctegd.uga.edu/jkissingLab/" target="_blank">Kissinger Research Group<br></a></div><div dir="ltr"><a href="http://www.uga.edu/" target="_blank">The University of Georgia</a><br><div><div>:::</div><div>Email: <a href="mailto:debarryj@gmail.com" target="_blank">debarryj@gmail.com</a></div><div style="font-size:12.8px">Tel: +1.912.269.0484</div><div style="font-size:12.8px"></div><div>Skype ID: jdebarry</div><div><span style="font-size:12.8px">:::</span><br></div><div><div>Nihil Sine Labore!:::Nec Aspera Terrent!:::Boutez-en-Avant!</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>