<div dir="ltr">Sorry if this is a dumb question.<div><br></div><div>Using the MAKER web service I have the option of adding an AUGUSTUS 'model file' as input<div><br></div><div>I generated a  training set of genes from my species through use of online AUGUSTUS in 'training' mode, because I am dealing with a 'new' species.  I input a set of scaffolds, a set of ESTs, a set of 'high confidence' cDNA sequences,and a set of protein sequences from those cDNAs, for the species. I received these files (folders) back from the AUGUSTUS server (in addition to log and err files):</div><div><br></div><div><p style="padding:0px;margin:8px 0px;line-height:1.3em;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:11.2011px"><br></p></div><div><div><b>Species parameter archive</b>:  parameters.tar.gz</div><div><b><br></b></div><div><b>Training genes: </b> training.gb.gz</div><div><br></div><div><b>Ab initio predictions</b>:  ab_initio.tar.gz</div><div><br></div><div><b>predictions with hints:</b>  hints_pred.tar.gz</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>The 'training genes'  (n=178) are the gene models AUGUSTUS generated to train itself. The format is Genbank.</div><div><br></div><div>the two 'predictions' folders contain 1 amino acid fasta (n=15,939 in both folders), 1 gff and 1 gtf.</div><div><br></div><div>Do you know which file would be correct for input to online MAKER as a 'model' file?</div><div><br></div><div><br></div><div>(NB there is no UTR predictions file, as my input cDNAs did not have enough UTR information in them )</div><div><br></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br></div>
</div></div></div>