<div style="white-space:pre-wrap">the parameters.tar.gz should contain this. - untar in the species folder in you local Augustus install or set the Augustus config env variable to point to a personal copy of the Augustus config folder and put this there. Whatever you name this parameters folder is the species name you put in the maker config. </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Jun 24, 2016 at 11:53 AM Steven Sullivan <<a href="mailto:sullis02@nyu.edu">sullis02@nyu.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Sorry if this is a dumb question.<div><br></div><div>Using the MAKER web service I have the option of adding an AUGUSTUS 'model file' as input<div><br></div><div>I generated a  training set of genes from my species through use of online AUGUSTUS in 'training' mode, because I am dealing with a 'new' species.  I input a set of scaffolds, a set of ESTs, a set of 'high confidence' cDNA sequences,and a set of protein sequences from those cDNAs, for the species. I received these files (folders) back from the AUGUSTUS server (in addition to log and err files):</div><div><br></div><div><p style="padding:0px;margin:8px 0px;line-height:1.3em;color:rgb(0,0,0);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:11.2011px"><br></p></div><div><div><b>Species parameter archive</b>:  parameters.tar.gz</div><div><b><br></b></div><div><b>Training genes: </b> training.gb.gz</div><div><br></div><div><b>Ab initio predictions</b>:  ab_initio.tar.gz</div><div><br></div><div><b>predictions with hints:</b>  hints_pred.tar.gz</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>The 'training genes'  (n=178) are the gene models AUGUSTUS generated to train itself. The format is Genbank.</div><div><br></div><div>the two 'predictions' folders contain 1 amino acid fasta (n=15,939 in both folders), 1 gff and 1 gtf.</div><div><br></div><div>Do you know which file would be correct for input to online MAKER as a 'model' file?</div><div><br></div><div><br></div><div>(NB there is no UTR predictions file, as my input cDNAs did not have enough UTR information in them )</div><div><br></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div><div data-smartmail="gmail_signature"><br></div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div>