<div dir="ltr"><div><div>Hi Maker,<br>I am trying to run Maker and got the following in my stderr.log file for one of my scaffolds.<br><br>sh: line 1: 34865 Segmentation fault      (core dumped) /usr/local/exonerate-2.2.0/bin/exonerate -q /tmp/maker_kqNxYt/1/NP_001233663%2E1.for.11692140-11693047.1.fasta -t /tmp/maker_kqNxYt/1/picr50.11692140-11693047.1.fasta -Q protein -T dna -m protein2genome --softmasktarget --percent 20 --showcigar > /tmp/maker_kqNxYt/1/picr50.11692140-11693047.NP_001233663%2E1.p.exonerate<br>Use of each() on hash after insertion without resetting hash iterator results in undefined behavior, Perl interpreter: 0x1846010 at /usr/lib64/perl5/vendor_perl/<a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 1736.<br>Use of each() on hash after insertion without resetting hash iterator results in undefined behavior, Perl interpreter: 0x1846010 at /usr/lib64/perl5/vendor_perl/<a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 1736.<br>ERROR: Exonerate failed<br>--> rank=1, hostname=biomix2.dbi.local<br>ERROR: Failed while polishing proteins<br>ERROR: Chunk failed at level:10, tier_type:3<br>FAILED CONTIG:picr50<br><br></div><div>I am running exonerate-2.2.0, anyone know if updating to 2.4.0 would help with this issue?<br></div>Any other thoughts?<br></div>Thanks<br><div><div><br>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Madolyn Stinner (formerly Madolyn MacDonald)<div>UDel Bioinformatics and Systems Biology, PhD student</div><div>RIT Alumnus 13'</div></div></div></div>
</div></div></div>