<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi All,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I am working on updating a plant genome annotation. I would like to map genes from previous annotation to a new genome build. There is a protocol about this in Campbell et al 2014, current protocols in bioinformatics (basic protocol 4 - Mapping

 annotations to a new assembly). I followed that protocol exactly with setting est_forward=1. But in output I’m getting large number of genes. My input cDNA fasta contains ~35K genes and after mapping there are ~58K genes. </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I’m using maker version 3.0. There are few changes in the genome and I’m not expecting many changes in the mapping previous genes.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Please let me know if there are any other parameters to control mapping of EST’s. I was hoping to get similar number of genes mapped on to new assembly with very few changes.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thank you for your help in advance.</div>

<div class="">Prashant<br class="">

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

<div class="">

<div class="">Prashant Hosmani</div>

<div class="">

<div dir="ltr" style="font-family: arial; font-size: small;" class="">Sol Genomics Network<br class="">

</div>

<div dir="ltr" class="">

<div style="font-family: arial; font-size: small;" class="">Boyce Thompson Institute, Ithaca, NY, USA</div>

</div>

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br class="">

</div>

</div>

</body>

</html>