<div dir="ltr">My organism's genome is predicted to have extremely few introns.  Does that mean I should change the default alignment behavior for single exons?</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 6, 2016 at 4:09 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">MAKER does not require input evidence to be on the correct strand because it performs splice aware alignments via Exonerate against both strands (reverse transcription for the second alignment happens internally). Exonerate should always map spliced alignments to the right strand because it is not be possible to get correct splicing on the opposite strand (splice sites are a stranded feature). The only alignments that are ambiguous are single exon alignments. They are ignored by default, but when not ignored they are stranded to the sequence with the longest canonical ORF.<br>
<br>
—Carson<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
> On Sep 6, 2016, at 1:37 PM, Steven Sullivan <<a href="mailto:sullis02@nyu.edu">sullis02@nyu.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> I have a set of assembled transcripts from a stranded RNA seq run that I want to use for gene finder training in a MAKER run on 'new' organism.<br>
><br>
> I've noticed though that some of my assembled transcripts actually appear to be antisense RNAs.<br>
><br>
> Should I include these in the training set?<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Dr. Steven Sullivan<br>Center for Genomics & Systems Biology<br>New York University<br>12 Waverly Place<br>New York, NY 10003<br><br></div>
</div>