<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">The MAKER documentation I can access (wiki turorials) seems somewhat out of date as regards RNA evidence , as it focuses a lot on ESTs, whereas today RNA seq data would likely be more common.  </div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br></div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">So a general question I have is, for a new eukaryotic organism with no models, is it better to use assembled RNA seq reads (i.e., putative transcripts generated by Trinity) as input to 1) ab initio predictors and as 2) MAKER alignment evidence, or is it better to use the reads themselves, unassembled? </div>
</div></div>