
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">No it is the protein to protein blast you need (which is where cross species homology occurs). Since the proteins come from the transcripts, doing a transcript translation blast (blastx in this case) would be redundant as well as less accurate because of how artifacts of a six frame translation reduce significance of the alignment.<div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson<br class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 19, 2016, at 4:46 PM, Xabier Vázquez Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" class="">xvazquezc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class="">I see. I ran blastp before starting the "post-processing of annotations" step. I guess I should do the same with IPRS.<br class=""><br class=""></div>By the way, can you confirm If I need to blast the maker.transcripts.fasta?<br class=""><br class=""></div>Thanks a lot<br class=""></div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On 20 September 2016 at 08:43, Carson Holt <span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank" class="">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word" class="">You just have to make sure you ran the blast job report after renaming. If you ran it before then the names in the report will not match the renamed fasta. The blast job should be blastp (protein to protein). You can check by just looking at the report.<span class="HOEnZb"><font color="#888888" class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div></font></span><div class=""><div class="h5"><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 19, 2016, at 4:27 PM, Xabier Vázquez Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank" class="">xvazquezc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Yes, my blast output is -outfmt 6 using the Uniprot/Swissprot as database. I used the maker protein fasta file as query (should I do the same with the transcripts?).<br class=""></div>According to the tutorial the steps are:<br class=""><pre class="">maker_map_ids <br class="">map_gff_ids <br class="">map_fasta_ids (for maker protein and transcripts)<br class="">map_data_ids (for blast and iprs output)<br class=""></pre><pre class=""><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif" class="">and then the maker_functional_* steps.<br class=""><br class=""></span></pre><pre class=""><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif" class="">So, the rename steps are before the maker_functional. Are you saying it should be the other way around?<br class=""><br class=""><br class=""></span><br class=""></pre><br class=""></div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On 20 September 2016 at 08:07, Carson Holt <span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank" class="">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word" class="">maker_functional_fasta reads the results of a blast report. It must be a tab delimted blast report (-outfmt 6 under BLAST+) with unpirot as the database and the maker fasta file as the query. If you renamed the transcripts in the fasta before running maker_functional_fasta<wbr class="">, the results in the blast report will no longer match (because they have new names). Use the map_data_ids script to fix names in the blast report if you did that.<div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks,</div><div class="">Carson</div><div class=""><div class=""><div class=""><br class=""><div class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 19, 2016, at 2:30 AM, Xabier Vázquez Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank" class="">xvazquezc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class="">Hi Carson,<br class=""><br class=""></div>I'm trying to go through the post processing step in the tutorial (GMOD2014) but I think something is not right with the functional annotation as no new information is added to the *.putative_function.* files when I run the maker_functional_gff or the maker_functional_fasta. All the fasta headings remain unchanged and the gff files don't show any change. I'm using Maker 2.31.6 by the way.<br class=""><br class=""></div><div class="">Because there are no examples showing what I should expect I'm a bit lost.<br class=""><br class=""></div><div class="">These are my files prior to the functional annotation.<br class=""><br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">FRL.all.iprscan.renamed.tsv<br class="">FRL.all.maker.proteins.blastou<wbr class="">t.sprot.renamed.tsv<br class="">FRL.all.maker.proteins.renamed<wbr class="">.fasta<br class="">FRL.all.maker.transcripts.rena<wbr class="">med.fasta<br class="">FRL.all.maker.trnascan.transcr<wbr class="">ipts.renamed.fasta<br class="">FRL.all.renamed.gff<br class="">FRL.map<br class=""></blockquote><br class=""></div><div class="">And this, an example of the command I'm using<br class=""><br class="">maker_functional_fasta uniprot_sprot.fasta FRL.all.maker.proteins.blastou<wbr class="">t.sprot.renamed.tsv FRL.all.maker.proteins.renamed<wbr class="">.fasta > FRL.all.maker.proteins.renamed<wbr class="">.putative_function.fasta </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you in advance.<br class=""><br class=""></div><div class="">Xabi<br class=""></div><div class=""></div><div class=""><br class=""><br class="">PS: the tutorial mentions to use the "standard" IPRS output but by default it gives xml, gff3 and tsv files. Which one should I use?<br clear="all" class=""></div><div class=""><div class=""><div class=""><br class="">-- <br class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Xabier Vázquez-Campos, <i class="">PhD</i><br class=""><i class="">Research Associate</i><br class="">Water Research Centre<br class="">School of Civil and Environmental Engineering<br class="">

The University of New South Wales<br class="">Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br class=""></div></div></div></div></div></div></div>

</div></div></div></div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></div></div></blockquote></div><br class=""><br clear="all" class=""><br class="">-- <br class=""><div data-smartmail="gmail_signature" class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Xabier Vázquez-Campos, <i class="">PhD</i><br class=""><i class="">Research Associate</i><br class="">Water Research Centre<br class="">School of Civil and Environmental Engineering<br class="">

The University of New South Wales<br class="">Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br class=""></div></div></div></div></div></div></div>

</div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></div></blockquote></div><br class=""><br clear="all" class=""><br class="">-- <br class=""><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Xabier Vázquez-Campos, <i class="">PhD</i><br class=""><i class="">Research Associate</i><br class="">Water Research Centre<br class="">School of Civil and Environmental Engineering<br class="">

The University of New South Wales<br class="">Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br class=""></div></div></div></div></div></div></div>

</div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>