<div dir="ltr"><div><div>Hi Carson,<br><br></div>I'm trying to go through the post processing step in the tutorial (GMOD2014) but I think something is not right with the functional annotation as no new information is added to the *.putative_function.* files when I run the maker_functional_gff or the maker_functional_fasta. All the fasta headings remain unchanged and the gff files don't show any change. I'm using Maker 2.31.6 by the way.<br><br></div><div>Because there are no examples showing what I should expect I'm a bit lost.<br><br></div><div>These are my files prior to the functional annotation.<br><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">FRL.all.iprscan.renamed.tsv<br>FRL.all.maker.proteins.blastout.sprot.renamed.tsv<br>FRL.all.maker.proteins.renamed.fasta<br>FRL.all.maker.transcripts.renamed.fasta<br>FRL.all.maker.trnascan.transcripts.renamed.fasta<br>FRL.all.renamed.gff<br>FRL.map<br></blockquote><br></div><div>And this, an example of the command I'm using<br><br>maker_functional_fasta uniprot_sprot.fasta FRL.all.maker.proteins.blastout.sprot.renamed.tsv FRL.all.maker.proteins.renamed.fasta > FRL.all.maker.proteins.renamed.putative_function.fasta </div><div><br></div><div>Thank you in advance.<br><br></div><div>Xabi<br></div><div></div><div><br><br>PS: the tutorial mentions to use the "standard" IPRS output but by default it gives xml, gff3 and tsv files. Which one should I use?<br clear="all"></div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div>