<div dir="ltr"><div>Yes, my blast output is -outfmt 6 using the Uniprot/Swissprot as database. I used the maker protein fasta file as query (should I do the same with the transcripts?).<br></div>According to the tutorial the steps are:<br><pre class="enter">maker_map_ids <br>map_gff_ids <br>map_fasta_ids (for maker protein and transcripts)<br>map_data_ids (for blast and iprs output)<br></pre><pre class="enter"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">and then the maker_functional_* steps.<br><br></span></pre><pre class="enter"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">So, the rename steps are before the maker_functional. Are you saying it should be the other way around?<br><br><br></span><br></pre><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 20 September 2016 at 08:07, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">maker_functional_fasta reads the results of a blast report. It must be a tab delimted blast report (-outfmt 6 under BLAST+) with unpirot as the database and the maker fasta file as the query. If you renamed the transcripts in the fasta before running maker_functional_<wbr>fasta, the results in the blast report will no longer match (because they have new names). Use the map_data_ids script to fix names in the blast report if you did that.<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson</div><div><div class="h5"><div><br><div><div><blockquote type="cite"><div>On Sep 19, 2016, at 2:30 AM, Xabier Vázquez Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank">xvazquezc@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div><div>Hi Carson,<br><br></div>I'm trying to go through the post processing step in the tutorial (GMOD2014) but I think something is not right with the functional annotation as no new information is added to the *.putative_function.* files when I run the maker_functional_gff or the maker_functional_fasta. All the fasta headings remain unchanged and the gff files don't show any change. I'm using Maker 2.31.6 by the way.<br><br></div><div>Because there are no examples showing what I should expect I'm a bit lost.<br><br></div><div>These are my files prior to the functional annotation.<br><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">FRL.all.iprscan.renamed.tsv<br>FRL.all.maker.proteins.<wbr>blastout.sprot.renamed.tsv<br>FRL.all.maker.proteins.<wbr>renamed.fasta<br>FRL.all.maker.transcripts.<wbr>renamed.fasta<br>FRL.all.maker.trnascan.<wbr>transcripts.renamed.fasta<br>FRL.all.renamed.gff<br>FRL.map<br></blockquote><br></div><div>And this, an example of the command I'm using<br><br>maker_functional_fasta uniprot_sprot.fasta FRL.all.maker.proteins.<wbr>blastout.sprot.renamed.tsv FRL.all.maker.proteins.<wbr>renamed.fasta > FRL.all.maker.proteins.<wbr>renamed.putative_function.<wbr>fasta </div><div><br></div><div>Thank you in advance.<br><br></div><div>Xabi<br></div><div></div><div><br><br>PS: the tutorial mentions to use the "standard" IPRS output but by default it gives xml, gff3 and tsv files. Which one should I use?<br clear="all"></div><div><div><div><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>