
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">MAKER should automatically try and salvage things on restart (that is the purpose of the checkpoint files). You can set clean_try=1 if you want. It will then delete failed contigs before retrying on any failure.<div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div><div class=""><br class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Oct 17, 2016, at 2:09 PM, Mark Ebbert <<a href="mailto:mark.ebbert@gmail.com" class="">mark.ebbert@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><img src="https://welovepg.polymail.io/v2/z/a/NTgwNTJmYzhhMmNj/aQ_oTBYDPHkE9InYZeA06zj5FuPi99Pw4BEKjPE4L5viaLuaLsVXGtCsk8Y8XBYpb__FR4nlxKZRovbdogZ2DbSdmYBi_QqXFDkv2HZKEFbboHtTc1QVcejLGApTrrMERZzBBqf68p6UZky1nQ==.png" alt="" width="0px" height="0px" border="0" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; border: none; background-image: none; width: 0px; height: 0px;" class=""><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Thanks Carson,</span><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">I’ve been restarting it using the same commands several times in a row. Unless that ‘find’ command has the potential to modify any important files, then I don’t think I modified anything. All I ran was:</div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">“find . -name *.NFSLock* -exec rm {} \;”</div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">“sbatch maker.slurm”</div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">I’m inclined to nuke it all and start over. Is it possible to salvage previous work, or is it all gone?<br class=""><br class=""><div id="psignature" class=""><div style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: 'Helvetica Neue';" class=""><span style="-webkit-font-kerning: none;" class="">Mark T. W. Ebbert</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: 'Helvetica Neue';" class=""><span style="-webkit-font-kerning: none;" class="">Please note my new email address:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:mark.ebbert@gmail.com" style="word-wrap: break-word !important;" class="">mark.ebbert@gmail.com</a></span></div></div></div><div class="gmail_extra" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><br class=""><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="">On Mon, Oct 17, 2016 at 12:35 PM Carson Holt<span class="Apple-converted-space"> </span><carsonhh@gmail.com class=""><<a href="mailto:Carson Holt <carsonhh@gmail.com>" style="word-wrap: break-word !important;" class="">Carson Holt<span class="Apple-converted-space"> </span><carsonhh@gmail.com class=""></carsonhh@gmail.com></a>> wrote:<br class=""></carsonhh@gmail.com></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;">If you made a change that affects downstream steps, MAKER erases affected intermediate files, and recalculates. It’s possible that you erased required checkpoiunt files, so MAKER thinks a change has been made that requires some things to be rerun.<div class=""><br class=""></div><div class="">Also if the STDERR is too big. Set -quiet or -qq (really quiet) on the command line. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">In general the error you see at the end is not the cause. The real error is further back in the log. MAKER tries to recover/retry, so the final failure you see is basically MAKER saying, I give up. But the original cause is further back in the log often behind the output of other MAKER threads that are writing to the log simultaneously. Iif you have 100 CPUs writing to the same output log, you may bury the real error behind the output of other threads (the log is not truly linear), so you have to look further back.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">If you use the beta, you can also specify -nolock, but be warned that the locks themselves are important to avoid file corruption (i.e. you accidentally launch MAKER twice).<br class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Oct 13, 2016, at 3:57 PM, Mark Ebbert <<a href="mailto:mark.ebbert@gmail.com" class="" style="word-wrap: break-word !important;">mark.ebbert@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><img src="https://welovepg.polymail.io/v2/z/a/NTdmZmZkNzE1Zjgz/sK0wr2x78C2hFz4QmHBomX2PPedE-SlnA__juVE0YNdzG5XDVmFFHPVDNdJ9Td7wQr_OjFGvcu3VJqPjWlI0fqV7p-jrXOIGnbb0AfIEbowbhSooaqiLn_4iDry7I6DWwTcYgVqByhgAPLTbVtIFhhXiHtEMhw==.png" alt="" width="0px" height="0px" border="0" class="" style="border: none; background-image: none; width: 0px; height: 0px; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;"><div class=""></div><div class=""></div><div class=""></div>Hi,<div class=""><br class=""></div><div class="">I’ve been working with maker for several months off and on with varying success. It worked great the first time I ran it, but ever since, it fails every run without any specific errors. Just says that one of the processes failed. I’ve been limping along by just running the following command to remove any locks and re-starting: “find . -name *.NFSLock* -exec rm {} \;”</div><div class=""><br class=""></div><div class="">This has been working, but for some reason maker started over from the beginning and lost all of the previous work! I don’t even know where to start interrogating. Should I nuke the whole maker directory structure and start from scratch? Maybe something got corrupted??</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I already deleted the log files before I realized maker started over because the log files get way too big.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I really appreciate your help!</div><div class=""><br class=""><div id="psignature" class=""><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: 'Helvetica Neue';"><span class="" style="-webkit-font-kerning: none;">Mark T. W. Ebbert</span></div></div></div>_______________________________________________<br class="">maker-devel mailing list<br class=""><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" class="" style="word-wrap: break-word !important;">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br class=""><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" style="word-wrap: break-word !important;" class="">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>