<div dir="ltr">Hello, I'm using MAKER to annotate a tetraploid genome and while running it, I encountered the following error:<br><br><div>#--------- command -------------#</div><div>Widget::exonerate::est2genome:</div><div>/packages/exonerate-2.2.0/bin/exonerate  -q /tmp/maker_08Elxf/15/TRINITY_GG_19079_c1670_g1_i1.for.84770203-84771247.15.fasta -t /tmp/maker_08Elxf/15/chr9_10L.84770203-84771247.15.fasta -Q dna -T dna --model est2genome  --minintron 20 --maxintron 10000 --showcigar --percent 20 > /tmp/maker_08Elxf/15/chr9_10L.84770203-84771247.TRINITY_GG_19079_c1670_g1_i1.e.exonerate</div><div>#-------------------------------#</div><div>running  est2genome search.</div><div>#--------- command -------------#</div><div>Widget::exonerate::est2genome:</div><div>/packages/exonerate-2.2.0/bin/exonerate  -q /tmp/maker_08Elxf/10/TRINITY_GG_87963_c9694_g10_i12.for.49475083-49475985.10.fasta -t /tmp/maker_08Elxf/10/chr6L.49475083-49475985.10.fasta -Q dna -T dna --model est2genome  --minintron 20 --maxintron 10000 --showcigar --percent 20 > /tmp/maker_08Elxf/10/chr6L.49475083-49475985.TRINITY_GG_87963_c9694_g10_i12.e.exonerate</div><div>#-------------------------------#</div><div><br></div><div>===================================================================================</div><div>=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES</div><div>=   PID 132376 RUNNING AT pnap-pe7-s03</div><div>=   EXIT CODE: 135</div><div>=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES</div><div>=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES</div><div>===================================================================================</div><div>YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Bus error (signal 7)</div><div>This typically refers to a problem with your application.</div><div>Please see the FAQ page for debugging suggestions</div><div><br></div><div>The the command I ran was the following:</div><div><br></div><div><div>#PBS -l walltime=240:00:00</div><div>#PBS -N MAKER</div><div>#PBS -l nodes=1:ppn=16</div><div>##PBS -q hmem</div><div>#PBS -j oe</div><div>#PBS -m abe</div><div>#PBS -M <a href="mailto:jcornelius@tgen.org">jcornelius@tgen.org</a></div><div>#PBS -A tgen-205000</div><div>#PBS -o /scratch/jcornelius/xenopus_laevis/maker_run</div><div><br></div><div># --- load required modules --- #</div><div><br></div><div>module load maker</div><div><br></div><div># --- run maker --- #</div><div><br></div><div>cd /scratch/jcornelius/xenopus_laevis/maker_run</div><div>mpiexec -n 16 maker -base XLNEURO.run1 -fix_nucleotides</div></div><div><br></div><div>I'm not sure what could be causing this error and any help would be much appreciated. Thanks.</div>-- <br><div class="gmail-m_-6154802559924617561gmail_signature"><div dir="ltr">John Cornelius<br>MCB PhD Candidate<br>Arizona State University<br></div></div>
</div>