<div dir="ltr">Are you using the -n option with maker2zff? You often get empty genome.ann and genome.dna files if you don't.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 5 January 2017 at 21:07, Oleg Lovky <span dir="ltr"><<a href="mailto:olegl@volcani.agri.gov.il" target="_blank">olegl@volcani.agri.gov.il</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div link="#0563C1" vlink="#954F72" lang="EN-GB">
<div class="m_-2476318000448042782WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m running Maker (2.31.8) with a genome and mRNA evidence (est2genome=1) containing ~50k reads (length ranges from 70 to 12000).<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">However, I’m not getting transcript and proteins fasta files at all, despite Maker not giving any errors and everything is listed as finished in the datastore log file.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Furthermore, when trying to use maker2zff I’m getting empty genome.ann and genome.dna files.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Please advise.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Regards,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f4e79">Oleg Lovky, MSc.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f4e79">Research Engineer<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f4e79">Institute of Plant Sciences<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f4e79">ARO, Volcani Center<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f4e79">Cell: 054-4870319<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f4e79"><img id="m_-2476318000448042782Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D26743.8B822E40" alt="v95_15" height="149" width="136"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>