<div dir="ltr"><div><div>Solved. After some digging and printing I found out the problem.<br><br>It was snap itself!<br><br></div>For anybody who maybe runs in the  same problem, check snap. Apparently it was not correctly compiled and therefore it produced a not conform output! Recompiling solved my issue. <br><br></div>Kind regards<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-01-20 9:44 GMT+01:00 Vipul Patel <span dir="ltr"><<a href="mailto:patel.kumar.vipul@gmail.com" target="_blank">patel.kumar.vipul@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Hi,<br><br></div>I hope someone can help me to figure out what is actually going wrong. <br></div><div><br></div><div>I installed Maker 2.31.9, MPICH , BioPerl 1.7 via CPAN, pointed the TMP variable not to use NFS. The given testcase as well for 1k<small contigs < 1MB runs without any problems. <br><br></div><div>Applying it to a sequence, for example with 57MB it failes, I tried it as well with a different sequences around 60MB, same outcome. <br><br></div><div>I looked into the logs, but it was not really helpful as it was just stated that the job failed<br></div><div><br></div><div>It crashed with following message:<br><br>deleted:0 genes<br>substr outside of string at /usr/share/perl/5.18/Carp.pm line 165.<br><br>------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------<br>MSG: Calling translate without a seq argument!<br>STACK: Error::throw<br>STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/local/share/perl/5.18.2/<wbr>Bio/Root/Root.pm:447<br>STACK: Bio::Tools::CodonTable::<wbr>translate /usr/local/share/perl/5.18.2/<wbr>Bio/Tools/CodonTable.pm:419<br>STACK: CGL::TranslationMachine::<wbr>longest_translation_plus_stop programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/CGL/TranslationMachine.pm:<wbr>280<br>STACK: maker::auto_annotator::get_<wbr>translation_seq programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/maker/<a href="http://auto_annotator.pm:3236" target="_blank">auto_annotator.pm:<wbr>3236</a><br>STACK: Widget::snap::load_phat_hits programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/Widget/<a href="http://snap.pm:974" target="_blank">snap.pm:974</a><br>STACK: Widget::snap::parse programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/Widget/<a href="http://snap.pm:690" target="_blank">snap.pm:690</a><br>STACK: GI::parse_abinit_file programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/GI.pm:1194<br>STACK: Process::MpiChunk::_go programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/Process/MpiChunk.pm:1469<br>STACK: Process::MpiChunk::run programs/maker/maker/bin/../<wbr>lib/Process/MpiChunk.pm:341<br>STACK: programs/maker/maker/bin/<wbr>maker:979<br>------------------------------<wbr>-----------------------------<br>--> rank=16, hostname=dummy<br>ERROR: Failed while gathering ab-init output files<br>ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:chr_test<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:chr_test<br><br>examining contents of the fasta file and run log<br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>Processing run.log file...<br><br></div><div>I got the same message if I run it without MPI, So I can guess it is not an MPI issue. <br></div><div>How can I find out if some jobs died so maybe this could lead to this problem?<br></div><div>Other ideas how I can tackle this problem?<br><br></div><div>Kind regards<br></div></div>
</blockquote></div><br></div>