<div dir="ltr"><div><div>Hi,<br><br></div>I hope someone can help me to figure out what is actually going wrong. <br></div><div><br></div><div>I installed Maker 2.31.9, MPICH , BioPerl 1.7 via CPAN, pointed the TMP variable not to use NFS. The given testcase as well for 1k<small contigs < 1MB runs without any problems. <br><br></div><div>Applying it to a sequence, for example with 57MB it failes, I tried it as well with a different sequences around 60MB, same outcome. <br><br></div><div>I looked into the logs, but it was not really helpful as it was just stated that the job failed<br></div><div><br></div><div>It crashed with following message:<br><br>deleted:0 genes<br>substr outside of string at /usr/share/perl/5.18/Carp.pm line 165.<br><br>------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------<br>MSG: Calling translate without a seq argument!<br>STACK: Error::throw<br>STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/local/share/perl/5.18.2/Bio/Root/Root.pm:447<br>STACK: Bio::Tools::CodonTable::translate /usr/local/share/perl/5.18.2/Bio/Tools/CodonTable.pm:419<br>STACK: CGL::TranslationMachine::longest_translation_plus_stop programs/maker/maker/bin/../lib/CGL/TranslationMachine.pm:280<br>STACK: maker::auto_annotator::get_translation_seq programs/maker/maker/bin/../lib/maker/<a href="http://auto_annotator.pm:3236">auto_annotator.pm:3236</a><br>STACK: Widget::snap::load_phat_hits programs/maker/maker/bin/../lib/Widget/<a href="http://snap.pm:974">snap.pm:974</a><br>STACK: Widget::snap::parse programs/maker/maker/bin/../lib/Widget/<a href="http://snap.pm:690">snap.pm:690</a><br>STACK: GI::parse_abinit_file programs/maker/maker/bin/../lib/GI.pm:1194<br>STACK: Process::MpiChunk::_go programs/maker/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:1469<br>STACK: Process::MpiChunk::run programs/maker/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:341<br>STACK: programs/maker/maker/bin/maker:979<br>-----------------------------------------------------------<br>--> rank=16, hostname=dummy<br>ERROR: Failed while gathering ab-init output files<br>ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:chr_test<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:chr_test<br><br>examining contents of the fasta file and run log<br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>Processing run.log file...<br><br></div><div>I got the same message if I run it without MPI, So I can guess it is not an MPI issue. <br></div><div>How can I find out if some jobs died so maybe this could lead to this problem?<br></div><div>Other ideas how I can tackle this problem?<br><br></div><div>Kind regards<br></div></div>