<div dir="ltr">Hi Maya,<div><br></div><div>I'm not sure what MAKER's requirements are in this regard--I'm forwarding this to their mailing list.</div><div><br></div><div>Scott</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 25, 2017 at 3:12 PM, Maya Britstein <span dir="ltr"><<a href="mailto:mayabritstein@gmail.com" target="_blank">mayabritstein@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have RNA-seq data, and genomic data that I want to annotate using maker. </div><div><br></div><div>From what I understood, I need to genarate a gff3 file format from the RNA-seq mapping sequences. I had mapped the RNA sequences to the genome using bowtie and tophat. However, I still do not know how to take these format and convert them to a gff3 file that I can them use in maker as annotation evidence </div><div><br></div><div>I saw the wiki page, that did not mention how to make this conversion (<a href="http://gmod.org/wiki/GFF3" target="_blank">http://gmod.org/wiki/GFF3</a>)</div><div><br></div><div>Can you please help me?</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Maya</div><div><br></div><div><div dir="ltr"><div dir="rtl" style="text-align:left">----<br></div><div dir="rtl"><div style="text-align:left;font-size:12.8px">Maya Britstein</div><div style="text-align:left;font-size:12.8px">Ph.D candidate</div><div style="text-align:left;font-size:12.8px">Laura Steindler's Lab</div><div style="text-align:left;font-size:12.8px">Marine Biology Department</div><div style="text-align:left;font-size:12.8px">Leon H. Charney School of Marine Sciences</div><div style="text-align:left;font-size:12.8px">University of Haifa, Israel</div></div></div>
<br></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">------------------------------------------------------------------------<br>Scott Cain, Ph. D.                                   scott at scottcain dot net<br>GMOD Coordinator (<a href="http://gmod.org/" target="_blank">http://gmod.org/</a>)                     216-392-3087<br>Ontario Institute for Cancer Research</div>
</div>