<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello:<br><br></div>I am doing annotation on a new genome and collecting proteins from mouse. I found there are both canonical protein sequences and isoforms. I wonder whether I should use only cannonical protein sequences or both the canonical and isoforms?<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div>