<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello: <br><br>

















<span style="font-size:12pt;font-family:cambria">I wonder which is the best way to make use of RNA-seq data for gene annotation of a new genome assembly. <br>(1) De novo assembly without mapping to any genome assembly (like Trinity)?<br></span></div><span style="font-size:12pt;font-family:cambria">(2) TopHat+Cufflink do mapping to the new </span><span style="font-size:12pt;font-family:cambria">genome assembly, that want to annotate?<br>(3) </span><span style="font-size:12pt;font-family:cambria">TopHat+Cufflink do mapping to a close annotated genome (like mouse or human)?<br><br></span></div><span style="font-size:12pt;font-family:cambria">Thanks<br><br></span></div><span style="font-size:12pt;font-family:cambria">Best<br></span></div><span style="font-size:12pt;font-family:cambria">Quanwei<br></span><div><div><div><div> <br></div></div></div></div></div>