<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello:<br><br>I am trying to assemble transcripts using RNA-seq data by the tool Trinity, which will be used for gene annotation for Maker. Now I have data from two tissues with two replicates each. Should I merge all four samples to get one assembly file? Or should I merge replicates of each tissue separately and use the two assembly files as input of Maker. Merging all samples into one, we will have much higher coverage level, but I think there may be some genes expressed by tissue-specific isoforms. So I not sure whether I should merge RNA-seq from different tissues.<br></div>What's more, I find some published RNA-seq data from another individual (and also for different tissue from us) for the same species. Should I merge all RNA-seq together (across individuals and tissues)? Or should I generate different transcript assembly and use all those assemblies as input to Maker?<br><br></div>Thanks<br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div>