<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am having trouble with MAKER/AUGUSTUS annotation.</div><div><br></div><div>One of the recurrent ones is the example I attach in artemis screenshot. In red is the gene of interest. There are three GFF files. Top is augustus standalone that I executed on the non-masked scaffold. The second is maker annotation and third is the augustus (from maker) on the masked query.</div><div><br></div><div><br></div><div>The gene clearly has four exons and three CDS but the masking seem to somehow cause augustus to get the boundaries wrong for the first and third CDS and skip the second CDS entirely.</div><div><br></div><div>How do I fix this problem?</div><div><br></div><div>Best,</div><div>/SB</div><div><img src="cid:15a1c9a68909dd459702" alt="artemis.png" class="" style="max-width: 100%; opacity: 1;"><br></div></div><div dir="ltr">-- <br></div><div data-smartmail="gmail_signature"><p dir="ltr">____________________________<br>
Sent from Inbox Mobile</p>
</div>