<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello: <br><br></div>I am annotating a new genome using Maker. I have RNA-seq assembly and protein sequences (from other organisms) in fasta format. Since I need to train gene finders, so I have to run Maker several times. I think the aligning process between the transcript assembly (protein sequences) and the genome assembly may be time consuming. So I wonder whether I can save such alignment in the first run, and then make use of such alignment in the following runs?<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div>