<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hello:<br><br></div>I am trying to add putative gene function to the predicted gene models. Firstly, I use uniProt/Swiss-Prot protein sequences to build the database. I used canonical and isoform proteins of human, mouse and rat with the script "makeblastdb". Then use "blastp" generated "maker2uni.blastp" whose context is as below.<br>maker-CasCan_contig_64815-snap-gene-0.0-mRNA-1    sp|Q6P5S2|LEG1H_HUMAN    69.97    303    91    0    1    303    1    303    7e-164    464<br>snap_masked-CasCan_contig_14203-processed-gene-0.10-mRNA-1    sp|Q91ZA8|NRARP_MOUSE    99.12    114    1    0    1    114    1    114    3e-80    236<br><br></div>After that, I am trying to add the protein homology data to the Maker gff3 and fasta files with maker_functional_gff and maker_functional_fasta, but get the reports as below. <br><br>Can't parse details from FASTA header: >sp|Q7Z5M8-2|AB12B_HUMAN Isoform 2 of Protein ABHD12B OS=Homo sapiens GN=ABHD12B<br><br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/maker_functional_gff line 139, <$IN> line 39.<br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/maker_functional_gff line 141, <$IN> line 39.<br>Can't parse details from FASTA header: >sp|Q7Z5M8-4|AB12B_HUMAN Isoform 4 of Protein ABHD12B OS=Homo sapiens GN=ABHD12B<br><br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/maker_functional_gff line 139, <$IN> line 45.<br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/maker_functional_gff line 141, <$IN> line 45.<br>Can't parse details from FASTA header: >sp|Q7Z5M8-5|AB12B_HUMAN Isoform 5 of Protein ABHD12B OS=Homo sapiens GN=ABHD12B<br>.....<br><br></div>I am not sure how to deal with this. I followed the command given in the protocol. Any suggestions?<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<br></div>Quanwei <br></div>