<div dir="ltr"><div><div><div>I just found at the bottom of the output file it include information like below. But I did not get those GFF3 files with gene homolog information added.<br><br>>snap_masked-CasCan_contig_27993-processed-gene-0.6-mRNA-1 transcript Name:"Protein of unknown function" offset:0 AED:0.47 eAED:0.47 QI:0|0|0|1|1|1|2|0|84<br>ATGAAAGACATTGGTACCCCAGAGGCATGGCAGATAATGATGTCCCTCAAGTCTGGACTC<br>TTGGCAGAGATCACATGGGCTTTAGACACCATTAACATTCTACTGTATGATGACAGCAGC<br>ATTATGACCTTCAACCTCAGTCAGTTCCCAGGATTGCTAGAGCTCTTTGAGTATGAGGTG<br>GGTGACCGAAGACAGAGAACTCTACTGGACTCTGGGAGATTCAGTGAAGTGTCTGGTCCA<br>ACCCCTACAGAG<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-02-13 10:16 GMT-05:00 Quanwei Zhang <span dir="ltr"><<a href="mailto:qwzhang0601@gmail.com" target="_blank">qwzhang0601@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hello:<br><br></div>I am trying to add putative gene function to the predicted gene models. Firstly, I use uniProt/Swiss-Prot protein sequences to build the database. I used canonical and isoform proteins of human, mouse and rat with the script "makeblastdb". Then use "blastp" generated "maker2uni.blastp" whose context is as below.<br>maker-CasCan_contig_64815-<wbr>snap-gene-0.0-mRNA-1    sp|Q6P5S2|LEG1H_HUMAN    69.97    303    91    0    1    303    1    303    7e-164    464<br>snap_masked-CasCan_contig_<wbr>14203-processed-gene-0.10-<wbr>mRNA-1    sp|Q91ZA8|NRARP_MOUSE    99.12    114    1    0    1    114    1    114    3e-80    236<br><br></div>After that, I am trying to add the protein homology data to the Maker gff3 and fasta files with maker_functional_gff and maker_functional_fasta, but get the reports as below. <br><br>Can't parse details from FASTA header: >sp|Q7Z5M8-2|AB12B_HUMAN Isoform 2 of Protein ABHD12B OS=Homo sapiens GN=ABHD12B<br><br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/<wbr>maker_functional_gff line 139, <$IN> line 39.<br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/<wbr>maker_functional_gff line 141, <$IN> line 39.<br>Can't parse details from FASTA header: >sp|Q7Z5M8-4|AB12B_HUMAN Isoform 4 of Protein ABHD12B OS=Homo sapiens GN=ABHD12B<br><br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/<wbr>maker_functional_gff line 139, <$IN> line 45.<br>Use of uninitialized value $id in hash element at /public/apps/MAKER/2.31.9/bin/<wbr>maker_functional_gff line 141, <$IN> line 45.<br>Can't parse details from FASTA header: >sp|Q7Z5M8-5|AB12B_HUMAN Isoform 5 of Protein ABHD12B OS=Homo sapiens GN=ABHD12B<br>.....<br><br></div>I am not sure how to deal with this. I followed the command given in the protocol. Any suggestions?<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">Quanwei <br></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>