<div dir="ltr"><div><div><div>Hello:<br><br></div>I am following the Maker protocol (2014) to rescue rejected gene models. I set keep_preds=1 when I ran Maker, and then used "<a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a> -d" to get the "default" Maker report. According to the annotation it will "Prints transcripts with an AED <1". <br><br></div>But in a previous post (the link below), it was said "there are models with AED less than 1 that get rejected for other reasons. ... For example if the only evidence is a protein alignment that has deep 
overlapping HSPs (extremely low complexity alignment) it will be 
filtered out even though AED is not technically equal to 1. Also if the 
overlapping protein evidence is in a different reading frame than the 
model it is supposed to support then the AED will be less than 1 but 
eAED will be 1 (extended AED), and the model will be rejected."<br><br></div><b>So I wonder, whether the "default" result obtained by "<a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a>" are really the same as those achieved by setting  keep_preds=0? Will the script also consider other reasons besides "</b><b>AED <1"?<br></b><div><br><a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/The$20reason$20there$20are$20differences$20between$20the$20runs$20is$20that$20there$20are$20models$20with$20AED$20less$20%7Csort:relevance/maker-devel/97aNJkT3bgk/W0MEyqEZAAAJ">https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/The$20reason$20there$20are$20differences$20between$20the$20runs$20is$20that$20there$20are$20models$20with$20AED$20less$20%7Csort:relevance/maker-devel/97aNJkT3bgk/W0MEyqEZAAAJ</a> <br><br></div><div>Thanks<br><br></div><div>Best<br></div><div>Quanwei<br></div></div>