<div dir="ltr"><div><div>Hi Everyone,<br><br></div>After sorting my MPICH/OpenMPI issue I have come across another: When I try to run MAKER on the demo data via<br><br>$ mpiexec -machinefile /Data/machinefile -n 4 /Data/Apps/maker/bin/maker /Data/Apps/maker/data/maker_exe.ctl /Data/Apps/maker/data/maker_opts.ctl /Data/Apps/maker/data/maker_bopts.ctl<br><br></div><div>(-n 4 because I have 4 nodes in my MPI cluster and I wanted to get it working before opening up, if I change the -n value then the error repeats once for each process I attempt to run via MPICH) I got the following:<br><br>Can't locate <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br><br></div><div>However I also see<br>$ locate <a href="http://forks.pm">forks.pm</a><br>/home/seth/.cpan/build/forks-0.36-0/blib/lib/<a href="http://forks.pm">forks.pm</a><br>/home/seth/.cpan/build/forks-0.36-0/lib/<a href="http://forks.pm">forks.pm</a><br>/usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1/<a href="http://forks.pm">forks.pm</a><br><br></div><div>Since /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 is in INC I initially thought this was a Perl error.  I hit up perlmonks and found that there is an issue between forks and Storable, where Storable now has a verion number of X.Y_Z but forks is only looking for X.Y (no _Z).  I followed these instructions <a href="https://rt.cpan.org/Public/Bug/Display.html?id=102730">https://rt.cpan.org/Public/Bug/Display.html?id=102730</a> and tried again.  Now I get:<br><br>$ mpiexec -machinefile /Data/machinefile -n 4 /Data/Apps/maker/bin/maker
 /Data/Apps/maker/data/maker_exe.ctl 
/Data/Apps/maker/data/maker_opts.ctl 
/Data/Apps/maker/data/maker_bopts.ctl<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/inc/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br><br></div><div>Clearly MAKER has an issue with forks, but it is installed, it is up to date (I double checked via cpan and apt-get to be sure), and it is in a directory that is in @INC.  Should I pursue this as a MAKER error or as a Perl error?<br></div><div><div><br clear="all"><div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
</div></div></div></div>