<div dir="ltr">I found my errors.  <br><br>1) In my machine file; the first entry was not the main node, so locate was looking on a different node than Maker<br>2) forks (and other modules) were not properly installed on every node in the cluster.  I used CPAN to install them on each cluster and it is now working.<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 21, 2017 at 1:05 PM, Seth Munholland <span dir="ltr"><<a href="mailto:munholl@uwindsor.ca" target="_blank">munholl@uwindsor.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I wasn't sure what modules were separated (figured it was wroth a shot), however, I did the force install of forks and I still get the same error.  I tried uninstalling and reinstalling all the forks installations that showed up and commented out the PERL5LIB export I had in my ~/.bashrc (then reloaded) to make sure I wasn't getting some kind of conflicting libraries/modules. and I'm back to:<br><br>Can't locate <a href="http://forks.pm" target="_blank">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/<wbr>lib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/<wbr>inc/perl/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-<wbr>gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/<wbr>perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/<wbr>perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/<wbr>perl-base .) at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<span class=""><br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br><br></span></div><div>along with:<br></div><div><br>$ sudo updatedb<br></div><span class=""><div>$ locate <a href="http://forks.pm" target="_blank">forks.pm</a><br>/home/seth/.cpan/build/forks-<wbr>0.36-0/blib/lib/<a href="http://forks.pm" target="_blank">forks.pm</a><br>/home/seth/.cpan/build/forks-<wbr>0.36-0/lib/<a href="http://forks.pm" target="_blank">forks.pm</a><br>/usr/local/lib/x86_64-linux-<wbr>gnu/perl/5.22.1/<a href="http://forks.pm" target="_blank">forks.pm</a><br></div><div><br></div></span><div>Now it's a maker issue, not a forks issue (if I'm reading it correctly), so I reinstalled Maker (made sure to direct to mpicc and mpi.h properly) and got:<br><br>$ sudo ./Build install<br>Installing MAKER...<br>Configuring MAKER with MPI support<br>Skip /Data/Apps/maker/src/../perl/<wbr>config-x86_64-linux-gnu-<wbr>thread-multi-5.022001 (unchanged)<br><br></div><div>I don't believe that's an error or even a warning, but I get the same "can't locate forks" error when I try to run it.<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><span class=""><br clear="all"><div><div class="m_-3800276434119855856gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
<br></span><div><div class="h5"><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 21, 2017 at 12:19 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">forks::signals is part of forks. It’s not a separate package. If it’s missing, there is a problem with the forks installation. So you need to do a force install of forks to force the reinstall.<div><br></div><div>Example —>         cpan[1]> force install forks<div><span class="m_-3800276434119855856HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>—Carson</div></font></span><div><div class="m_-3800276434119855856h5"><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Feb 21, 2017, at 10:17 AM, Seth Munholland <<a href="mailto:munholl@uwindsor.ca" target="_blank">munholl@uwindsor.ca</a>> wrote:</div><br class="m_-3800276434119855856m_257420633505297433Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div>I tried this and still get the same error.  Then I tried forcing a reinstall of forks/signals and got:<br><br>cpan[1]> install forks::signals<br>Warning: Cannot install forks::signals, don't know what it is.<br>Try the command<br><br>    i /forks::signals/<br><br>to find objects with matching identifiers.<br><br></div>but scrolling through the install scroll of the forks reinstall I do see it got installed properly.<br><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-3800276434119855856m_257420633505297433gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 17, 2017 at 3:39 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Do a force reinstall of forks via CPAN. The error is coming from <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83, so the problem is the forks installation itself.<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson<br><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="m_-3800276434119855856m_257420633505297433h5"><div>On Feb 17, 2017, at 1:11 PM, Seth Munholland <<a href="mailto:munholl@uwindsor.ca" target="_blank">munholl@uwindsor.ca</a>> wrote:</div><br class="m_-3800276434119855856m_257420633505297433m_4928129430173910275Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="m_-3800276434119855856m_257420633505297433h5"><div dir="ltr"><div><div>Hi Everyone,<br><br></div>After sorting my MPICH/OpenMPI issue I have come across another: When I try to run MAKER on the demo data via<br><br>$ mpiexec -machinefile /Data/machinefile -n 4 /Data/Apps/maker/bin/maker /Data/Apps/maker/data/maker_ex<wbr>e.ctl /Data/Apps/maker/data/maker_op<wbr>ts.ctl /Data/Apps/maker/data/maker_bo<wbr>pts.ctl<br><br></div><div>(-n 4 because I have 4 nodes in my MPI cluster and I wanted to get it working before opening up, if I change the -n value then the error repeats once for each process I attempt to run via MPICH) I got the following:<br><br>Can't locate <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br><br></div><div>However I also see<br>$ locate <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a><br>/home/seth/.cpan/build/forks-0<wbr>.36-0/blib/lib/<a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a><br>/home/seth/.cpan/build/forks-0<wbr>.36-0/lib/<a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a><br>/usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1/<a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a><br><br></div><div>Since /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 is in INC I initially thought this was a Perl error.  I hit up perlmonks and found that there is an issue between forks and Storable, where Storable now has a verion number of X.Y_Z but forks is only looking for X.Y (no _Z).  I followed these instructions <a href="https://rt.cpan.org/Public/Bug/Display.html?id=102730" target="_blank">https://rt.cpan.org/Public/Bug<wbr>/Display.html?id=102730</a> and tried again.  Now I get:<br><br>$ mpiexec -machinefile /Data/machinefile -n 4 /Data/Apps/maker/bin/maker
 /Data/Apps/maker/data/maker_ex<wbr>e.ctl 
/Data/Apps/maker/data/maker_op<wbr>ts.ctl 
/Data/Apps/maker/data/maker_bo<wbr>pts.ctl<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm/" target="_blank">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm/" target="_blank">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm/" target="_blank">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Can't locate forks/<a href="http://signals.pm/" target="_blank">signals.pm</a> in @INC (you may need to install the forks::signals module) (@INC contains: /Data/Apps/maker/bin/../perl/l<wbr>ib /Data/Apps/maker/bin/../lib /Data/Apps/maker/bin/../src/in<wbr>c/perl/lib /Data/Apps/CEGMA_v2.5/lib /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gn<wbr>u/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl<wbr>-base .) at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 83.<br>BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://forks.pm/" target="_blank">forks.pm</a> line 84.<br>Compilation failed in require at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>BEGIN failed--compilation aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br>Undefined subroutine &threads::_END called at (eval 2) line 1.<br>END failed--call queue aborted at /Data/Apps/maker/bin/maker line 42.<br><br></div><div>Clearly MAKER has an issue with forks, but it is installed, it is up to date (I double checked via cpan and apt-get to be sure), and it is in a directory that is in @INC.  Should I pursue this as a MAKER error or as a Perl error?<br></div><div><div><br clear="all"><div><div><div class="m_-3800276434119855856m_257420633505297433m_4928129430173910275gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.co<wbr>m</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mai<wbr>lman/listinfo/maker-devel_yand<wbr>ell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>