<div dir="ltr"><div><div>After my clustering issue I figured I would go node by node and run MAKER locally on the test data set to be sure that it was working properly before trying it as a full MPI run.  After adjusting all my exes to point to the NFS versions I am consistently getting the same error on each node when it comes time to run exonerate:<br><br>polishig ESTs<br>running  est2genome search.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::exonerate::est2genome:<br>/Data/Apps/exonerate/src/program/exonerate  -q /tmp/maker_q3n9fB/0/dpp-mRNA-5.for.26386-32056.0.fasta -t /tmp/maker_q3n9fB/0/contig-dpp-500-500.26386-32056.0.fasta -Q dna -T dna --model est2genome  --minintron 20 --maxintron 10000 --showcigar --percent 20 > /tmp/maker_q3n9fB/0/contig-dpp-500-500.26386-32056.dpp-mRNA-5.e.exonerate<br>#-------------------------------#<br>Messed up acceptor:TT in Widget::exonerate::est2genome::get_acceptor!<br>--> rank=NA, hostname=beanblade2<br>ERROR: Failed while polishig ESTs<br>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:3<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br></div>The only results I find on google was an issue with an improper character in the est file, but a cat of the dpp_est.fasta shows nothing incorrect and since they all point to dpp-mRNA-5 I backed up the provided est and removed it.  The response was:<br><br>polishig ESTs<br>running  est2genome search.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::exonerate::est2genome:<br>/Data/Apps/exonerate/src/program/exonerate  -q /tmp/maker_I7TZxt/0/dpp-mRNA-4.for.22889-32056.0.fasta -t /tmp/maker_I7TZxt/0/contig-dpp-500-500.22889-32056.0.fasta -Q dna -T dna --model est2genome  --minintron 20 --maxintron 10000 --showcigar --percent 20 > /tmp/maker_I7TZxt/0/contig-dpp-500-500.22889-32056.dpp-mRNA-4.e.exonerate<br>#-------------------------------#<br>Messed up acceptor:TT in Widget::exonerate::est2genome::get_acceptor!<br>--> rank=NA, hostname=beanblade4<br>ERROR: Failed while polishig ESTs<br>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:3<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br></div>So the error seems to be pointing at something happening when wrapping up the ESTs.<br><div><div><div><br clear="all"><div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>