<div dir="ltr"><div><div>Hello:<br><br></div>I am doing genome annotation using Maker on our high performance computational cluster (HPC). Due to some issues of MPI, I submitted the Maker jobs several times under the same directory to HPC. Followed by the example in the protocol (as shown below), when I submit the jobs I make them as background processes by "&" except the first one. Is this necessary when I submit a job to a HPC? I found it costed much much longer time than I expected (according to a testing on a smaller data set). I am not sure whether setting the process as background process lead to this issue? <br><br></div>The example in the protocol <br><div><div>% maker 2> maker1.error<br>% maker 2> maker2.error &<br>% maker 2> maker3.error &<br>......<br><br></div><div>BTW, will the annotation on shorter contig (e.g., 500bp) cost ~ 1/100 of the time that cost for annotation a 50000bp contig? I am using SNAP for an inito and RNA-seq assembly and protein sequences as evidence. I have more than half contigs shorter than 300bp (whose total length is only about 5% of the total length of all contigs), I want to know whether I can save about half (or only about 5%) of the time if I ignore those short contigs. <br><br></div><div> Thanks<br><br></div><div>Best<br></div><div>Quanwei<br></div></div></div>