<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hello:<br><br></div>If one gene was covered by two contigs, sometimes we may predicted two genes. I wonder how Maker deal with such conditions?<br>Even Maker tried to reduce such cases, they can not be completely avoid. So I wonder whether there is any way or any tool to find such split genes (one gene split into two contigs and predicted as two genes)?<br><br></div>As we know, we can also provide protein sequences and transcript assembly as evidences. Can a protein sequence or transcript assembly rescue the split genes in Maker pipe line? For example, if one transcript cover 40% of predicted genes predicted in two contigs, then merge the predicted genes into one?<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br><div><div><br></div></div></div>