<div dir="ltr"><div><div><div>Hello,<br><br></div>I configured snoscan (v.0.9.1) for my maker installation (v2.31.9) and run the annotation for a yeast (S. cerevisiae) genome. I think the annotation went well with regard to tRNAs and protein-coding genes but I am not sure about snoRNAs. I found multiple overlapped snoRNA genes were annotated by maker as the example below shows. I was wondering if this is expected. If not, what might have caused this problem and is there a way to work around. Thanks in advance!<br><br>chrIX   maker   gene    4328    4416    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49<br>chrIX   maker   snoRNA  4328    4416    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49-snoRNA-1;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|90|0<br>chrIX   maker   exon    4328    4416    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49-snoRNA-1:exon:12260;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.49-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4563    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4563    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50-snoRNA-1;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|190|0<br>chrIX   maker   exon    4375    4563    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50-snoRNA-1:exon:12261;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.50-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4461    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4461    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51-snoRNA-1;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|88|0<br>chrIX   maker   exon    4375    4461    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51-snoRNA-1:exon:12262;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.51-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4491    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4491    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52-snoRNA-1;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|118|0<br>chrIX   maker   exon    4375    4491    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52-snoRNA-1:exon:12263;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.52-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4500    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4500    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53-snoRNA-1;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53;Name=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|127|0<br>chrIX   maker   exon    4375    4500    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53-snoRNA-1:exon:12264;Parent=snoscan-chrIX-noncoding-gene-0.53-snoRNA-1<br><br></div>Best,<br></div>Jia-Xing<br><div><div><br clear="all"><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span style="color:rgb(0,0,0)"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">28 Avenue de Valombrose</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">France</font></div></span><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>