<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I should have mentioned a third scenario where an exon is not called fully by maker despite augustus getting it right (figure artemis03)</div><div><br></div><img src="cid:15c2a00f2ef7a14ecb31" alt="artemis03.png" class="" style="max-width: 100%; opacity: 1;"><div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sun, 21 May 2017 at 10:48 Salim Bougouffa <<a href="mailto:mjfi2sb3@gmail.com">mjfi2sb3@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">Hi<span class="m_2010006321964689114inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span><span class="m_2010006321964689114inbox-inbox-il">Maker</span><span class="m_2010006321964689114inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>folks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">I have several issues with a plant genome annotation that I am currently doing but perhaps the most recurrent issues are:</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">1/ CDSs that are missed where significant rna-seq evidence is there (figure artemis01)</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">2/ vice versa where one or two exons are added without rna-seq evidence/intron hints (figure artemis02)<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">info about the runs:</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">1/ using augustus with a pre-existing model for a related plant that has high homology to the one I am annotating</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">2/ umask=1 (seems to do better than umask=0; is this a good thing to do)</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">3/ evm = 1 (seems to perform better than emv=0)</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">4/ repeatmasking (denovo + repbase)</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">Best,</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;color:rgb(153,0,255)">/SB</div><br class="m_2010006321964689114inbox-inbox-Apple-interchange-newline"></div></blockquote></div></div>