<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">Hi Maker folks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">I have several issues with a plant genome annotation that I am currently doing but perhaps the most recurrent issues are:</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">1/ CDSs that are missed where significant rna-seq evidence is there (figure artemis01)</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">2/ vice versa where one or two exons are added without rna-seq evidence/intron hints (figure artemis02)<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">info about the runs:</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">1/ using augustus with a pre-existing model for a related plant that has high homology to the one I am annotating</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">2/ umask=1 (seems to do better than umask=0; is this a good thing to do)</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">3/ evm = 1 (seems to perform better than emv=0)</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">4/ repeatmasking (denovo + repbase)</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">Best,</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff">/SB</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:small;color:#9900ff"><br></div><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><pre style="color:rgb(0,0,0);font-size:13px;word-wrap:break-word;white-space:pre-wrap"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><font size="1">___________________________________________</font><font size="1"><font size="1">____________</font>
</font><font size="1">Salim Bougouffa^(PhD), Postdoctoral Fellow
4700 KAUST, CBRC, Blg³. Office^4326-WS05,<br>Thuwal, Jeddah, KSA, 23955-6900<br>(966) 012 808 2963 || <a href="mailto:salim.bougouff@kaust.edu.sa" target="_blank">salim.bougouff@kaust.edu.sa</a></font></font></pre></div></div></div></div></div>
</div>

<br>
<div><hr></div><font face="Arial" size="1">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font>