<div dir="ltr"><div><div>I see. Thanks Michael!<br><br></div>Best,<br></div>Jia-Xing<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 26, 2017 at 3:54 PM, Michael Campbell <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.s.campbell1@gmail.com" target="_blank">michael.s.campbell1@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Jia-Xing,<div><br></div><div>v2.31.9 may not have had that option. I know that it is in the v3.00.0 version, so you best option may be to update.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike</div><div><div class="h5"><div><div><blockquote type="cite"><div>On May 26, 2017, at 5:28 AM, Jia-Xing Yue <<a href="mailto:yuejiaxing@gmail.com" target="_blank">yuejiaxing@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_5578319285986352209Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div><div>Hi Michael,<br><br></div>This is a follow-up for the snoscan issue. I found the snoscan_meth option seems have been removed in the current maker_opts.ctl template file (v2.31.9). This option used to be there according to this post (<a href="https://www.biostars.org/p/217240/" target="_blank">https://www.biostars.org/p/<wbr>217240/</a>). I manually specified this option in my maker_opts.ctl file but I don't think maker has correctly recognized this option:<br><br><br>STATUS: Parsing control files...<br>WARNING: Invalid option 'snoscan_meth' in control file maker_opts.ctl<br>...<br><br></div>Do you know is there a way to work around this problem? Thanks!<br><div><br></div><div>Best,<br></div><div>Jia-Xing<br><br> <br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 15, 2017 at 7:14 PM, Jia-Xing Yue <span dir="ltr"><<a href="mailto:yuejiaxing@gmail.com" target="_blank">yuejiaxing@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Michael,<br><br></div>Many thanks for the information! I will specify the "snoscan_meth" file and give it another try then. I majorly want to use maker to annotate protein-coding genes and tRNAs. But it would be nice to have snoRNA reasonably annotated as well. <br></div>Thanks gain and have a great day!<br><br></div>Best,<br></div>Jia-Xing<br><br></div><div class="m_5578319285986352209HOEnZb"><div class="m_5578319285986352209h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 15, 2017 at 6:28 PM, Michael Campbell <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.s.campbell1@gmail.com" target="_blank">michael.s.campbell1@gmail.com</a><wbr>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Jia-Xing,<div><br></div><div>That has been my experience in the past as well. For the non-coding RNAs tRNA-scan is very accurate while snoscan seems to be quite sensitive but very specific. Did you give it a “snoscan_meth” file? Giving it a snoscan_meth file will help with accuracy. The biggest gains in accuracy are from small RNA-seq data. In the paper where we used snoscan on maize we didn’t keep any snoRNA predictions that didn’t have support from small RNA-seq data, in practical terms we got rid of anything with a AED of 1.</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Mike<br><div><blockquote type="cite"><div><div class="m_5578319285986352209m_1079489955668822851h5"><div>On May 15, 2017, at 7:28 AM, Jia-Xing Yue <<a href="mailto:yuejiaxing@gmail.com" target="_blank">yuejiaxing@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_5578319285986352209m_1079489955668822851m_-7608062531693256888Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="m_5578319285986352209m_1079489955668822851h5"><div dir="ltr"><div><div><div>Hello,<br><br></div>I configured snoscan (v.0.9.1) for my maker installation (v2.31.9) and run the annotation for a yeast (S. cerevisiae) genome. I think the annotation went well with regard to tRNAs and protein-coding genes but I am not sure about snoRNAs. I found multiple overlapped snoRNA genes were annotated by maker as the example below shows. I was wondering if this is expected. If not, what might have caused this problem and is there a way to work around. Thanks in advance!<br><br>chrIX   maker   gene    4328    4416    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.49;Name=snoscan-chrIX-nonc<wbr>oding-gene-0.49<br>chrIX   maker   snoRNA  4328    4416    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.49-snoRNA-1;Parent=snoscan<wbr>-chrIX-noncoding-gene-0.49;Nam<wbr>e=snoscan-chrIX-noncoding-gene<wbr>-0.49-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED<wbr>=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|90|0<br>chrIX   maker   exon    4328    4416    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.49-snoRNA-1:exon:12260;Par<wbr>ent=snoscan-chrIX-noncoding-ge<wbr>ne-0.49-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4563    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.50;Name=snoscan-chrIX-nonc<wbr>oding-gene-0.50<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4563    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.50-snoRNA-1;Parent=snoscan<wbr>-chrIX-noncoding-gene-0.50;Nam<wbr>e=snoscan-chrIX-noncoding-gene<wbr>-0.50-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED<wbr>=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|190|<wbr>0<br>chrIX   maker   exon    4375    4563    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.50-snoRNA-1:exon:12261;Par<wbr>ent=snoscan-chrIX-noncoding-ge<wbr>ne-0.50-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4461    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.51;Name=snoscan-chrIX-nonc<wbr>oding-gene-0.51<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4461    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.51-snoRNA-1;Parent=snoscan<wbr>-chrIX-noncoding-gene-0.51;Nam<wbr>e=snoscan-chrIX-noncoding-gene<wbr>-0.51-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED<wbr>=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|88|0<br>chrIX   maker   exon    4375    4461    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.51-snoRNA-1:exon:12262;Par<wbr>ent=snoscan-chrIX-noncoding-ge<wbr>ne-0.51-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4491    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.52;Name=snoscan-chrIX-nonc<wbr>oding-gene-0.52<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4491    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.52-snoRNA-1;Parent=snoscan<wbr>-chrIX-noncoding-gene-0.52;Nam<wbr>e=snoscan-chrIX-noncoding-gene<wbr>-0.52-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED<wbr>=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|118|<wbr>0<br>chrIX   maker   exon    4375    4491    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.52-snoRNA-1:exon:12263;Par<wbr>ent=snoscan-chrIX-noncoding-ge<wbr>ne-0.52-snoRNA-1<br>chrIX   maker   gene    4375    4500    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.53;Name=snoscan-chrIX-nonc<wbr>oding-gene-0.53<br>chrIX   maker   snoRNA  4375    4500    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.53-snoRNA-1;Parent=snoscan<wbr>-chrIX-noncoding-gene-0.53;Nam<wbr>e=snoscan-chrIX-noncoding-gene<wbr>-0.53-snoRNA-1;_AED=1.00;_eAED<wbr>=1.00;_QI=0|-1|0|0|-1|0|1|127|<wbr>0<br>chrIX   maker   exon    4375    4500    .       +       .       ID=snoscan-chrIX-noncoding-gen<wbr>e-0.53-snoRNA-1:exon:12264;Par<wbr>ent=snoscan-chrIX-noncoding-ge<wbr>ne-0.53-snoRNA-1<br><br></div>Best,<br></div>Jia-Xing<br><div><div><br clear="all"><div><div><br>-- <br><div class="m_5578319285986352209m_1079489955668822851m_-7608062531693256888gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span>Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span>Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">28 Avenue de Valombrose</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">France</font></div></span><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.co<wbr>m</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mai<wbr>lman/listinfo/maker-devel_yand<wbr>ell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="m_5578319285986352209m_1079489955668822851gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span>Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span>Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">28 Avenue de Valombrose</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">France</font></div></span><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="m_5578319285986352209gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span>Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span>Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">28 Avenue de Valombrose</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">France</font></div></span><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span style="color:rgb(0,0,0)"><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">28 Avenue de Valombrose</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">France</font></div></span><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>