<div dir="ltr">I would think splitting could work if you generate a sufficient overlap.  IE 1-100k, 50-150k, etc.  Reassembling the annotations for the overlap regions may be tricky if you get conflicting annotations though.<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, B.Sc.<br></div><div>Department of Biological Sciences<br>
Rm. 304 Biology Building<br>
University of Windsor<br>
401 Sunset Ave. N9B 3P4<br>
T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 22, 2017 at 2:39 AM, Aravind PRASAD <span dir="ltr"><<a href="mailto:aravindp@imcb.a-star.edu.sg" target="_blank">aravindp@imcb.a-star.edu.sg</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-SG">
<div class="m_-2669857248014709785WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi <span style="color:#1f497d">All</span>,</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">I’m trying to annotate a fish genome using Maker pipeline. It could finish the annotation for maximum scaffolds except 5 of them which are of size around 100M base pairs. The current clusters in our institute has a time limit of 24hrs for
 a job and these scaffolds could not be annotated with in that time.</p>
<p class="MsoNormal">Can you please suggest any other way of finishing the annotation for large scaffolds?</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">I thought of chunking up the scaffolds to run, but, I’m afraid that would split a gene into two.</p>
<p class="MsoNormal">Thanks for your time.</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Regards,</p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:#002060"><a href="mailto:aravindp@imcb.a-star.edu.sg" target="_blank">Aravind PRASAD</a> :: Research Officer :: Comparative and Medical Genomics Lab :: Institue of Molecular
 and Cell Biology (IMCB) :: Agency for Science, Technology and Research (A*STAR)</span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:#4f81bd">61 Biopolis Drive :: #5-04 Proteos :: Singapore 138673:: DID <a href="tel:+65%206586%209573" value="+6565869573" target="_blank">(+65) 6586 9573</a> :: Fax <a href="tel:+65%206779%201117" value="+6567791117" target="_blank">(+65) 6779 1117</a> ::
<a href="http://www.imcb.a-star.edu.sg/" target="_blank">http://www.imcb.a-star.edu.sg/</a></span></p>
<p class="MsoNormal"><span> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span><img id="m_-2669857248014709785Picture_x0020_1" src="cid:image002.png@01D2E8F3.C893C4B0" alt="2" border="0" width="473" height="82">    
</span></p>
<p class="MsoNormal"><span> </span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<br>
<font size="1" color="Gray" face="Arial"><br>
Note: This message may contain confidential information. If this Email/Fax has been sent to you by mistake, please notify the sender and delete it immediately. Thank you.<br>
</font>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>