<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none"><!--P{margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<span itemscope="" itemtype="http://schema.org/Question"><span itemprop="text">

<p>Hi,</p>

<p>I have successfully annotated my genome with MAKER. Now I have a gff file that I want to post process /filter.</p>

<p><br>

</p>

<p>In particular, I would like to discard genes that are below to a certain AED score.</p>

<p><br>

</p>

<p>1) Is there an AED treshold from where a gene is not strongly supported ? if yes, do you have some reference about this ?

</p>

<p><br>

</p>

<p>2) Is there a script/software to process a gff file ?</p>

<p><br>

</p>

<p>Thanks</p>

</span></span>

<p><br>

</p>

<p><br>

</p>

<div id="Signature">

<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">

<br>

Patrick Tran Van<br>

<br>

Groups Chapuisat, Robinson-Rechavi & Schwander<br>

Department of Ecology and Evolution<br>

University of Lausanne<br>

Le Biophore<br>

CH-1015 Lausanne<br>

Switzerland<br>

Office 3206<br>

<br>

</div>

</div>

</body>

</html>