<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am trying to annotate genes in a non-model organism. I am using MAKER for this purpose and have trained SNAP and plan on Genemark and Augustus as well for the predictions.</div><div><br></div><div>After searching the google group on MAKER-devel I understand  BUSCO is a good choice for training Augustus and decided to give it a shot. From one of the earlier posts on BUSCO, I read that it is supposed to generate a species name specific folder in the config directory of Augustus. However I did not get any. The BUSCO run finished fine with the run_species folder and all necessary table, hmm folder and other files etc. generated under the run_species folder. </div><div><br></div><div>Following was the command i used to run BUSCO:</div><div><br></div><div>python run_BUSCO.py --in mySpecies.fasta  --out my_species --long --lineage_path /usr/home/aves_odb9 --mode genome<br></div><div><br></div><div>So there was no "my_species" folder generated under the config directory of augustus.</div><div><br></div><div>Did I miss something ? My question is-- what should I pass to the "<b>augustus_species"</b> variable now in the maker control file for the next run of maker ?</div><div><br></div><div>Thanks so much for your time !!</div></div>