<div dir="ltr"><div>Hello:<br><br></div>We want to summarize the statistical information of repeats for the genome annotated by  Maker2. But we are not clear what does the annotation mean. Would you explain? Many thanks!<br><div><div><br></div><div>Let me take this example <br><span style="color:rgb(0,0,255)">CasCan_contig_16053    repeatmasker    match    35887    35996    423   
 +    .    
ID=CasCan_contig_16053:hit:51261:1.3.0.0;Name=species:Charlie4z|genus:DNA%2FhAT-Charlie;Target=species:Charlie4z|genus:DNA%2FhAT-Charlie
 48 161 +</span><br><br></div><div>(1) "35887" and "35996" are the start and end position of the "match" in this contig, and so for this repeat element it covers 35996-35887+1 (i.e., 110bp) in the contig. Right?<br></div><div>(2) What does the "Name=species" (and "Target=species") mean?<br></div><div>(3) "genus" show the type of repeat element, right? Then what does "<span style="color:rgb(0,0,255)">%</span>" mean in <span style="color:rgb(0,0,255)">"DNA%2FhAT-Charlie" <span style="color:rgb(0,0,0)">?</span><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)">(4)</span> <span style="color:rgb(0,0,0)">what does "48" and "161" mean?</span> <span style="color:rgb(0,0,0)">Are they the coordinates of the "match" in the repeat element?</span><br></span></div><div><br><br><br>Examples:<br>CasCan_contig_16053    repeatmasker    match    35887    35996    423    +    .    ID=CasCan_contig_16053:hit:51261:1.3.0.0;Name=species:Charlie4z|genus:DNA%2FhAT-Charlie;Target=species:Charlie4z|genus:DNA%2FhAT-Charlie 48 161 +<br>CasCan_contig_16053    repeatmasker    match_part    35887    35996    423    +    .    ID=CasCan_contig_16053:hsp:120045:1.3.0.0;Parent=CasCan_contig_16053:hit:51261:1.3.0.0;Target=species:Charlie4z|genus:DNA%252FhAT-Charlie 48 161 +<br>CasCan_contig_16053    repeatmasker    match    36842    37881    2546    +    .    ID=CasCan_contig_16053:hit:51262:1.3.0.0;Name=species:L1MC1_EC|genus:LINE%2FL1;Target=species:L1MC1_EC|genus:LINE%2FL1 5384 6062 +<br>CasCan_contig_16053    repeatmasker    match_part    36842    37881    2546    +    .    ID=CasCan_contig_16053:hsp:120046:1.3.0.0;Parent=CasCan_contig_16053:hit:51262:1.3.0.0;Target=species:L1MC1_EC|genus:LINE%252FL1 5384 6062 +<br><br><br></div><div>Best<br></div><div>Quanwei<br></div></div></div>