<div dir="ltr"><div>AFAIK, the profile can be the folder run_my_species/augustus_output/retraining_parameters and the files inside would look like BUSCO_my_species_[a number]_*.*<br></div>Create a folder in the species directory and copy this in there. Note that the folder and the included files should have the same name prefix e.g. BUSCO_my_species_[a number], otherwise whenever you call the profile, Augustus is going to freak out. The prefix will be your augustus_species<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 1 August 2017 at 03:09, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello Arnab,<div><br></div><div>Perhaps someone on the list will chime in with an answer for you, but you may also want to post to direct to BUSCO since your question is entirely related to BUSCO and you are more likely to get a quick response there.</div><div><br></div><div>—> <a href="https://gitlab.com/ezlab/busco/issues" target="_blank">https://gitlab.com/ezlab/<wbr>busco/issues</a></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On Jul 19, 2017, at 2:24 PM, Arnab Ghosh <<a href="mailto:leo1985.arnab@gmail.com" target="_blank">leo1985.arnab@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_4646586122733635938Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am trying to annotate genes in a non-model organism. I am using MAKER for this purpose and have trained SNAP and plan on Genemark and Augustus as well for the predictions.</div><div><br></div><div>After searching the google group on MAKER-devel I understand  BUSCO is a good choice for training Augustus and decided to give it a shot. From one of the earlier posts on BUSCO, I read that it is supposed to generate a species name specific folder in the config directory of Augustus. However I did not get any. The BUSCO run finished fine with the run_species folder and all necessary table, hmm folder and other files etc. generated under the run_species folder. </div><div><br></div><div>Following was the command i used to run BUSCO:</div><div><br></div><div>python run_BUSCO.py --in mySpecies.fasta  --out my_species --long --lineage_path /usr/home/aves_odb9 --mode genome<br></div><div><br></div><div>So there was no "my_species" folder generated under the config directory of augustus.</div><div><br></div><div>Did I miss something ? My question is-- what should I pass to the "<b>augustus_species"</b> variable now in the maker control file for the next run of maker ?</div><div><br></div><div>Thanks so much for your time !!</div></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>